建立了多个水稻生物信息学数据库

包括水稻表达谱数据库CREP、水稻基因组序列变异数据库RiceVarMap和水稻泛基因组序列数据库PanRice,用户超过3万人次,有效促进了各种水稻组学数据的深度利用。

开展了多项挖掘利用水稻种质资源遗传变异的研究

与合作者收集并测序533份具代表性的水稻品种,建立了水稻关联分析平台,有效推动了水稻重要农艺性状相关变异位点的鉴定和利用。通过对大量水稻品种的序列分析,系统鉴定了籼稻育种过程中受选择的基因组位点,为进一步改良水稻提供了重要靶点。 率先开展了水稻“非必需基因组”研究,发掘了大量不存在于水稻参考基因组中的新序列,初步分析了其组成和形成机制并首次开展了基于泛基因组的关联分析研究。

开发了多种高通量基因分型方法和平台

建立了基于Affymetrix芯片表达谱数据挖掘序列多态性的方法和基于新一代测序技术的低成本的群体基因分型方法。 作为主要设计人员之一开发了全球第一款水稻育种芯片和后续多款育种芯片,申请发明专利3项,已得到推广应用。